Lyra é uma menina órfã que foge da universidade na qual mora para procurar um amigo desaparecido. Em sua jornada ela recebe ajuda de diversos personagens inusitados como romenos, ursos de armaduras e pilotos de balão enquanto desvenda um estranho complô para sequestrar crianças. Seu caminho vem a se cruzar com Will, um menino que descobre uma forma de viajar entre mundos.