Depois de se estabelecer em Green Hills, Sonic está pronto para mais liberdade, e Tom e Maddie concordam em deixá-lo em casa enquanto vão de férias. Mas, assim que eles se foram, Dr. Robotnik volta, desta vez com um novo parceiro, Knuckles, em busca de uma esmeralda que tem o poder de construir e destruir civilizações. Sonic se une a um novo companheiro, Tails, e juntos eles embarcam em uma jornada para encontrar a esmeralda antes que ela caia nas mãos erradas.